分析合成多肽时，首先要确认材料是不是预期的分子，其次要了解该分子占样品多少。质谱回答第一个问题，高效液相色谱（HPLC）回答第二个。
HPLC 通过分离测量纯度
反相 HPLC 让样品通过填充疏水颗粒的色谱柱。不同成分与色谱柱的相互作用不同，因此在各自的保留时间洗脱。紫外检测器记录峰值，常用波长为肽键吸收的 214–220 nm。
纯度用主峰面积除以总峰面积估算。色谱图能显示主峰附近是否有杂质，例如截短或缺失序列。
质谱用来确认分子身份
质谱使分子离子化，并测量其质荷比（m/z）。多肽常形成多电荷离子，例如 [M+2H]²⁺ 和 [M+3H]³⁺，软件据此推算分子质量。如果实测值与理论值在仪器误差范围内吻合，就为分子身份提供证据。
为什么两种方法都要用？
错误分子也可能在 HPLC 图上呈现单一峰。正确分子也可能与仅用质谱无法定量的杂质混合。HPLC 和 MS 有时联用为 LC-MS，是研究材料的基本检测组合。
其他常用检测
- 多肽含量（氨基酸或氮分析）测量粉末扣除水分和盐分后实际所含的多肽。
- 内毒素检测（LAL）对细胞和动物实验尤为重要。
- 水分与反离子会影响实际多肽量的计算。